《东北剿匪记》，以剿灭张东山、许大雷、郑三炮，驼娘等“四大旗杆”的历史事件为背景，力求艺术性地展现这一伟大斗争中的一个侧面。该剧塑造了杨剑锋、白云、小山东、吴慎之、李大伟等一大批为了人民的利益，不怕牺牲，顽强奋斗的共产党人的光辉形象；也塑造了被逼为匪的丹娘、傻豹、常天恩、芍药等一批自我救赎，从痴迷到觉醒的中间人物形象；以及张东山、曾天养、郑三炮、冯奎、蛮龙、刘黑子等狡诈凶残，性格各异的土匪头子形象。

七七事变之后，全国抗日斗争风起云涌，在德国接受特种兵训练的孟云霄被国民党召回国内。孟云霄搭乘的飞机在空中打掉一架敌机后被击落。一落地的孟云霄就帮助凤凰山的女匪首火凤凰打退了日本军队的进攻。国民党方面的郭万铭部扫荡日军，残杀俘虏，并想趁机剿灭火凤凰匪部。而八路军方面准备要将这一股日军歼灭。孟云霄击毙一日兵后救下火凤凰。郭万铭和八路军方面的纵队司令阳光，八路军战士李淑蔚被火凤凰关押进大牢。

猛虎连长杨剑锋被调往牡丹江剿匪，在政委吴慎之等人的策划下，巧妙打入敌巢，获得土匪司令张东山的信任。随着在匪巢生活日久，他发现这是一支为抗击日寇而拉起的抗日武装。当年，他的父亲就是这支武装的一个首领，在抗日战争中牺牲。杨剑锋和政委吴慎之，军医白云等人决心正确对待这支曾经为国家和民族立下大功的队伍，把他们导向光明的前途。但是，张东山视国民党为正统，决心效忠蒋介石。经过血与火的搏杀，杨剑锋等共产党员的情怀感召着这支武装队伍。大青山绺子在杨剑锋和张东山女儿丹娘等的率领下，下山接受解放军改编，随即开赴肃清牡丹江匪患