南加利福尼亚,高中生布伦丹·弗莱(约瑟夫·戈登-李维特 Joseph Gordon-Levitt 饰)接到前女友艾米丽•考斯特奇(艾米丽·Emilie de Ravin 饰)的电话,分手两个月来她过得并不好,似乎正在面临巨大的磨难。在接下来的两天里,布伦丹四处寻找艾米丽,最终看到的却是她的尸体。为了弄清艾米丽死亡背后的真相,布伦丹执着地展开调查。他寻找任何可能与艾米丽有关的人与事,从而卷入巨大的黑暗漩涡之中……
在上一集J(威尔·史密斯 Will Smith 饰)重新召回K(汤米·李·琼斯 Tommy Lee Jones 饰)作为搭档之后,时间又过去了许多年,但是外星人对地球的觊觎却一直没有停歇。而且J还了解到了K已经死了四十多年。无论未来如何发展,K都和外星人入侵地球有着千丝万缕的联系。而且这段时间,J了解到是一个叫做鲍里斯(杰梅奈·克莱门特 Jemaine Clement 饰)的外星罪犯在1969年干掉了当时还没有太多经验的K(乔什·布洛林 Josh Brolin 饰)。而在四十多年后,这个鲍里斯就成为了地球